目前加工出口區內的勞工行政及勞動檢查業務，係由經濟部主責，這樣的制度分工也造成區內、區外不一致的問題。監察委員高涌誠、王幼玲表示，加工處作為獎勵、吸引投資的主管機關，卻兼有維護勞工安全與健康的權責，立場衝突，而勞工行政事務具有特別保護性質，是否適合授權由「服務廠商」為旨的加工處處理，經濟部及勞動部應重新思考。