為改善畜牧廢水對河川造成的污染，環境部積極推動畜牧糞尿資源化。據6月統計，目前仍有近1,400家畜牧小場未完成今年底法規規定的5%資源化目標，環境部呼籲畜牧場配合完成資源化目標，以免受罰。另外為了獎勵畜牧業者提升施灌比率及沼氣發電技術，下半年將推出獎勵競賽。

環境部27日預告修正「放流水標準」草案，在事業廢水氨氮部分增列製革業、印刷電路板製造業、屠宰業等5類事業納入管制；並針對晶圓製造及半導體製造業、光電材料及元件製造業等增訂總磷管制；也加嚴金屬相關產業廢水銅管制限值，估計影響3,711家事業單位。